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Die Fachbereiche Medizin der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und der Universität zu Lübeck erfüllen ihre Aufgaben in der klinischen Medizin zusammen mit dem Klinikum. Planungen und Entscheidungen in der klinischen Medizin sind aufeinander abzustimmen. Die Fachbereiche Medizin werden von hauptamtlichen Dekaninnen oder Dekanen geleitet. Für Forschung und Lehre auf dem Gebiet der universitären klinischen Medizin sind in Schleswig-Holstein ausschließlich die Christian-Albrechts-Universität, die Universität zu Lübeck und das Klinikum zuständig.